Сучасні комп'ютерні програми МРТ діагностики дозволяють створювати тривимірне зображення будь-якої ділянки мозку для виявлення вогнища захворювання з високою точністю і наочністю.      МР діагностика високо інформативна у виявленні захворювань, пов'язаних з травмами, запальними захворюваннями, порушенням роботи центральної нервової системи, гіпофізу, судинних патологій. Але найбільш часто МРТ головного мозку призначають в онкології. Пухлинні процеси магнітно-резонансна томографія визначає дуже добре. Також часто проводять МРТ для визначення зони інсульту, виявлення причини судомних нападів або якоїсь вродженої аномалії.Тільки з застосуванням МРТ може бути виявлено:
 1. Ранні стадії хвороб Паркінсона й Альцгеймера 2. Поширеність і динаміка процесу при розвитку і лікуванні розсіяного склерозу
При дослідженні голови можна оцінити стан і патологічні зміни кісток і м'яких тканин обличчя, очей, порожнин носа і рота.